學(xué)校由原龍溪師范學(xué)校于1958年春設(shè)立的師范大專班發(fā)展而來，1963年參與合并組建福建第二師范學(xué)院，1986年經(jīng)原國家教委批準(zhǔn)復(fù)辦福建第二師范學(xué)院，并更名為漳州師范學(xué)院，2003年獲得碩士學(xué)位授予權(quán)，2013年4月更名為閩南師范大學(xué)。2018年1月，學(xué)校新增為福建省2018-2020年博士學(xué)位授予培育單位立項(xiàng)建設(shè)名單。  2018年，漳州農(nóng)業(yè)學(xué)校并入閩南師范大學(xué)，設(shè)為閩南師范大學(xué)圓山校區(qū)。